La vision génomique de l'afrique dans la lutte contre les superbactéries

Read in English Les pays africains adaptent les capacités génomiques acquises lors de la pandémie de COVID-19 à la lutte contre la résistance aux antimicrobiens (RAM). Selon les données de

l'Organisation mondiale de la santé, la résistance aux antimicrobiens est la cause directe1 de plus de 1,27 million de décès par an et contribue à 4,95 millions d’autres décès. L’OMS a

récemment mis à jour sa liste des pathogènes bactériens prioritaires pour 20242, mettant en évidence 15 familles de bactéries résistantes aux antibiotiques qui demandent qu’on lui accordent

une attention urgente. L'utilisation fautive des antibiotiques3 est courante, tandis que la surveillance de la résistance aux antibiotiques s'avère difficile. Toutefois,

l'infrastructure génomique mise en place pour lutter contre le COVID-19 est désormais adaptée à la surveillance de la RAM, ce qui constitue du progrès significatif dans les capacités de

santé publique. Les pays du continent ont renforcé et/ou acquis des capacités de séquençage génomique, contribuant ainsi à une compréhension globale de la propagation et de l'évolution

rapide du virus SARS-CoV-2. Afin de maintenir et d'entretenir les capacités génomiques, les Centres africains de contrôle et de prévention des maladies (Africa CDC) demandent que les

initiatives de recherche isolées sont remplacer par des stratégies de santé publique intégrées et coordonnées. L'initiative Africa CDC Pathogen Genomics Initiative (Africa-PGI) vise à

convaincre les gouvernements africains de continuer à investir dans ce domaine. Lors du webinaire 2024, Africa Pathogen Genomics Initiative4 | Africa PGI 2.0 sur la surveillance génomique

des pathogènes en Afrique, Iruka Okeke, de l'Université d'Ibadan au Nigeria, a déclaré que le système de surveillance mis au point par son équipe au Nigeria permet non seulement de

valider les tests d'infection bactérienne dans les hôpitaux, mais sert également comme modèle pour d'autres nations africaines par l'intermédiaire de l'Africa CDC. Le

plan d’action pour la surveillance de la résistance aux antimicrobiens à l'échelle de l'Afrique, attendue ce mois-ci, sera une version initiale du plan préparée par Africa CDC,

explique Mme Okeke, qui dirige le groupe de travail des CDC africains sur la génomique au service de la résistance aux antimicrobiens. L'équipe aide déjà le Centre nigérian de contrôle

et de prévention des maladies (NCDC) à mettre au point un système de surveillance national qui pourrait être reproduite sur l'ensemble du continent. ÉLABORATION D'UN MODÈLE

L'équipe nigériane, par l'intermédiaire de l'Africa CDC, fournit des conseils sur la manière dont les pays africains peuvent utiliser la génomique pour comprendre la

résistance aux antimicrobiens et suivre la transmission des bactéries. L'un des premiers obstacles était l'absence d'un laboratoire national de référence pour valider le

travail des hôpitaux sentinelles qui testent les infections bactériennes chez les patients. « Alors que nous mettions en place ce système au Nigeria, d'autres pays ont commencé à se

poser les mêmes questions: Quelle place devrait occuper la génomique dans la surveillance des infections bactériennes? Et s'ils n'avaient pas de système de surveillance de la

résistance aux antimicrobiens, comment pouvaient-ils en avoir un ? La génomique serait-elle utile ? Nous sommes alors devenus un modèle pour l'utilisation de la génomique de cette

manière dans les environnements à faibles ressources. Les CDC d'Afrique nous ont également contactés au sujet de l'IGP-Afrique », a déclaré M. Okeke. INCLUSION DES POPULATIONS EN

BONNE SANTÉ ET PROCHAINES ÉTAPES Le Centre africain d'excellence pour la génomique des maladies infectieuses (ACEGID), le laboratoire qui a publié la première séquence génomique du

SRAS-CoV-2 en Afrique, étudie actuellement une autre approche ciblant les personnes en bonne santé. Jessica Uwanibe, chercheuse à l'ACEGID, a révélé que l'équipe élargissait le

champ de la surveillance de la RAM pour inclure les personnes apparemment en bonne santé et pas seulement celles qui sont malades, afin d'obtenir une image complète de la dynamique de

la RAM. « Cette approche globale est essentielle pour des stratégies de contrôle et d'éradication efficaces », a déclaré M. Uwanibe à Nature Africa. À l'ACEGID, M. Uwanibe a

indiqué que le modèle utilisé pour la surveillance génomique de la fièvre de Lassa et du Mpox est aussi le modèle pour le COVID et qu'il sert également à la surveillance de la RAM, la

seule différence résidant dans le protocole et certains réactifs. Les bénéfices potentiels de la génomique dans la surveillance de la résistance aux antimicrobiens sont immenses, mais il

reste des défis importants à relever. Le coût des réactifs et de l'équipement reste un obstacle majeur, en particulier dans les régions à faibles ressources. « Les réactifs et le

matériel de séquençage sont coûteux, montant aux milliers de dollars », souligne M. Uwanibe. Malgré ces coûts, les données génomiques localisées peuvent assister au développement des

médicaments et les interventions de santé publique, en rendant les traitements plus efficaces et en réduisant les risques de maladies infectieuses. « Les centres qui ne disposent pas du

modèle pourraient s'associer aux endroits qui en disposent déjà, compte tenu du coût d'exécution de ces essais. Si vous disposez du modèle, vous pourrez peut-être vous associer à

d'autres instituts ou obtenir des subventions à cette fin et à d'autres fins adaptables », a-t-elle déclaré à Nature Africa. Mme Okeke a souligné le besoin critique

d'intégration éducative et de sensibilisation du public pour améliorer l'efficacité de la collecte et du renforcement du soutien à la résistance aux antimicrobiens. « Nous devons

éduquer à la fois les professionnels qui gèrent ces systèmes de surveillance et le public sur l'importance des informations génomiques dans la lutte contre la résistance aux

antimicrobiens », a déclaré Mme Okeke.